Доколку е потребно, во органското земјоделско производство се дозволува да се употребат и одредени минерални ѓубрива кои се од природно потекло. Нивната употреба треба да се базира на претходна анализа на почвата затоа што може да се предизвикаат одредени драстични промени во составот на почвата, а кои понатаму негативно ќе се одразат врз нашите култури. Секоја таква негативна промена (почвената реакција, pH, или засолување) понатаму тешко се исправа и потребни се обемни мелиоративни мерки кои се доста скапи. Во следната табела можеме да ги видиме дозволените минерални ѓубрива според *IFOAM и *Codex Alimentarius:
