Пиперките имаат плиток коренов систем, а главниот корен може да порасне до 1,5 метри во длабочина при рамна сеидба.
Со оглед на тоа дека преовладува производството на пиперки од расад, а тоа значи дека се развива нежен коренов систем од 30 до 50 сантиметри длабочина во фаза на полн раст на растението. Пиперките се чувствителни на недостаток на вода во почвата во текот на целата вегетација. Чувствителноста особено е нагласена во фазата на цветање и созревање на плодот. Исто така, чувствителни се и на преголема количина на вода и слаба аерација на земјиштето. Во таков случај растенијата ќе пожолтат, а во потешки случаеви доаѓа и до опаѓање на листовите и цветовите.
Наводнувањето на пиперките започнува со производството на расад. Расадот се произведува во заштитен простор, и тоа раните сорти во топли леи или друг заштитен простор со вештачко греење, а доцните сорти во заштитен простор, но без греење. Според начинот на производство се прилагодува и начинот на наводнување но треба да се нагласи дека расадот на пиперките не поднесува висока влажност на почвата.
По пресадувањето на расадот, се прави првото наводнување, а второто наводнување три до пет дена подоцна со пополнување на празните места. После секоја берба се спроведува наводнување спрема потребата. Ако моментот на наводнување се одредува спрема влажноста на почвата, со наводнување треба да се започне кога влажноста на почвата е 80% .
Количините на наводнување се мали, се натопува слојот од почвата до 30 см длабочина, но бројот на наводнувања може да достигне и до 12, а тоа зависи од климатските услови и капацитетот на почвата до леснопристапна вода.
